Durante todo este tiempo la hermandad ha tenido como base fundamental la seriedad y dignidad en los distintos actos que realiza y por supuesto, en el desfile procesional. Sobre esto ultimo, cabe destacar las felicitaciones recibidas por la hermandad después de su primer desfile como consta en el acta del 15 de Abril de 1990 y la misma de fecha 31 de Marzo de 1991, después de su segundo desfile. Destacan igualmente los premios otorgados por la asociación Don Cubata en los que quedó como primer finalista en el año 1990 y primer premio en el año 1991 como la hermandad que mejor desfila, lo que demuestra la categoría de la hermandad, recién fundada.

Pasar sin descanso por las curvas de la audiencia, o la forma de coger el paso después del descanso sobre las horquillas, son novedades que esta hermandad ha aportado en los desfiles, lo que ha proporcionado una seña de identidad propia. Ha sido la primera hermandad en la que el cargo de secretario lo ha ostentado una mujer.

En la junta de 16 de Abril de 1995 se hace la primera mención respecto a la posibilidad de cambiar las imágenes titulares por otras nuevas. En esa ocasión hubo de aplazarse dicha decisión, pues el comienzo de las obras de remodelación de la iglesia de San Pedro supuso un gasto extra para la hermandad. 

Si bien se volvió al retomar el tema en varias ocasiones, no será hasta la junta general ordinaria del 30 de Marzo de 1997 en el que queda aprobado el cambio de las Sagradas Imágenes con las que desfilaba la hermandad.

Una vez tomada esta decisión, se nombra una comisión encargada de coordinar el trabajo y buscar presupuesto respecto al cambio. En la junta extraordinaria del 15 de Junio, dicha comisión presenta diversos proyectos y presupuestos entre los cuales se encuentran, entre otros, los de los escultores Sr. Hernández Navarro, Sr. Navarro Arteaga, Sr. Miñarro, Finalmente y tras votación, resultaría elegido el escultor Sr. Dubé de Luque. Después de tres años de espera y no menos problemas, desfilan por primera vez en el año 2000 las actuales imágenes, de gran calidad.



Hermanamientos Honoríficos 

En Junta General Ordinaria de 2004, la Asamblea aprobó nombrar Hermanos Mayores Honorarios y Perpetuos al Patronato Universitario “Cardenal Gil de Albornoz” por su vínculo, desde la creación de la Hermandad, con ésta, al ser fundada por alumnos que estudiaban en el Colegio Universitario del mismo nombre, cuando aún no estaba fundada la Universidad de Castilla-La Mancha.

El acto tuvo lugar en la Iglesia Parroquial de los santos Apóstoles Pedro y Santiago, enmarcado en una majestuosa ceremonia religiosa extraordinaria el 23 de octubre de 2005, en la que se impusieron las medallas de la Hermandad a los miembros del Patronato Universitario: la Universidad de Castilla-La Mancha, la Corporación Municipal y Provincial y la Caja Castilla-La Mancha, en una ceremonia celebrada por el Vicario General de la Diócesis de Cuenca en nombre del Obispo de Cuenca.

La parte musical del acto corrió a cargo de la “Capilla de Música de El Salvador y Santiago” de la capital conquense, acompañado con el grupo de metales de la Escuela Municipal de Música de Las Mesas.

En este mismo año 2005, en Junta General Ordinaria, se aprueba nombrar Hermanos Honorarios a la "Escuela Municipal de Música de Las Mesas", por su contribución al Desfile Procesional de cada Martes Santo acompañando a esta Hermandad durante su Desfile Procesional con anterioridad a la entrada en la Plaza Mayor hasta el final del dicho desfile.

El acto tuvo lugar en la Parroquia de San Pedro y Santiago haciéndolo coincidir con el tradicional Besapié, en la Cuaresma de 2006, terminando el acto con la interpretación de un repertorio de marchas procesionales a cargo de la mencionada Escuela Municipal de Música.


Con motivo de este acto se grabó un Cd de marchas procesionales, producido por la Universidad de Castilla-La Mancha y grabado por la “Capilla de Música de El Salvador y Santiago” y la "Escuela Municipal de Música de Las Mesas", donde se encuentra la marcha de título “Bautizando a Jesus” compuesta por D. Fernando Ugeda Fernández, marcha emblema de esta Hermandad y estrenada en el concierto que esta misma banda y coro ofreció en el auditorio, en la cuaresma del año 2006.

Tal y como se puede observar, en estos 25 años desde su fundación ha habido un gran trabajo de todos los hermanos que componen la hermandad junto con la seriedad y buena organización, que hacen más grande si cabe, la Semana Santa de Cuenca. Son 25 años en los que esta hermandad lleva enriqueciendo su historia, su patrimonio, y el de la Semana Santa de Cuenca. 

Son también varias las actividades incorporadas a la vida de la hermandad, enfocadas al culto de sus imágenes titulares. El ya tradicional Besapie a la sagrada imagen de Cristo recibiendo las aguas del Jordán, forma parte de la tradición y es un acto de referencia dentro de la Hermandad durante la cuaresma.